No Dec.Lei 42/91 pode ler-se:

“4 – Os subsídios de férias e de Natal são sempre objecto de retenção autónoma, não podendo, para o cálculo do imposto a reter, ser adicionados às remunerações dos meses em que são pagos ou postos à disposição.
5 – Quando os subsídios de férias e de Natal forem pagos fraccionadamente, reter-se-á, em cada pagamento, a parte proporcional do imposto calculado nos termos do número anterior”

Assim entendo que se deve através do total do subsidio calcular a taxa, depois aplicar essa % a cada uma das parcelas pagas ao longo do ano.